Vaišnavska vjerska zajednica u RH djeluje u okviru Međunarodnog društva za svjesnost Krišne (ISKCON).

Nakon Prabhupadine smrti na čelu međunarodne zajednice je Governing Body Commission (GBC). GBC donosi strategiju, viziju i odluke na demokratski način (konsenzusom ili glasovanjem) u dogovoru i suglasnosti s regionalnim, nacionalnim i lokalnim predsjednicima zajednica i hramova. Regionalno i nacionalno se sve te odluke dodatno razrađuju.

Danas GBC ima 30 članova. Osim područnih tajnika čine ga i regionalni sekretari koji pomažu područnim, te ministri zaduženi za različita područja: obrazovanje, komunikacije, distribuciju knjiga, financije i upravljanje, socijalne probleme, zdravstvo, pravosuđe, te posebno ministarstvo za mladež i žene. Dvotrećinskom većinom glasova GBC određuje pravila i zakone zajednice, izbor tajnika, gurua, vanjsko djelovanje zajednice, nove članove GBC-a i nove sanjasije odgovorne za duhovni standard ISKCON-a. Duhovne učitelje gurue ovo tijelo bira iz redova visoko osposobljenih bhakta.

U ISKCON-u danas ima oko 80 gurua. Guru ili duhovni učitelj, mentor, učenika uvodi u duhovni svijet i uči ga pravilnom izvođenju propisanih tehnika. On je božji predstavnik, posrednik između duhovnog i materijalnog svijeta. Članovi našeg društva slobodno odlučuju kojega od 80 gurua će biti sljedbenici. Tako unutar jednoga hrama i zajednice članovi mogu biti sljedbenici različitih gurua. Iako je u početku zajednica bila orijentirana prvenstveno na hram, kasnije je iz te „samostanske“ faze prešla više u laičku, obiteljsku, kongregacijsku fazu.

Prema svom Statutu, Vaišnavska vjerska zajednica u Republici Hrvatskoj (VVZ u RH) može imati razne organizacijske oblike koji djeluju radi širenja vaišnavske religije i promicanja vedske kulture, primjerice lokalne vjerske zajednice, udruge, kulturna društva, škole ili dobrotvorne organizacije. U Hrvatskoj trenutno djeluju službeno prijavljenje zajednice u Zagrebu, Rijeci, Puli, Splitu, Osijeku i Varaždinu, dok je nekoliko udruga u tim i drugim gradovima blisko povezano s radom zajednice. Sve lokalne vaišnavske zajednice koje djeluju unutar VVZ u RH su pravne osobe i imaju visok stupanj autonomije. U drugim gradovima VVZ ima misionarske centre ili djeluje u slobodnoj organizaciji pojedinih članova našeg društva.

Organizacija VVZ u RH temelji se na nacionalnoj i lokalnoj koordinaciji. Upravna tijelo VVZ u RH je Hrvatsko vaišnavsko vijeće (HVV). Njegovo djelovanje, kao i djelovanje svih organizacijskih oblika određeno je pravilnicima. Vaišnavske zajednice po pojedinim zemljama odgovorne su GBC-u i njihovu regionalnom predstavniku te su se dužne držati jedinstvenih duhovnih vaišnavskih standarda, filozofije i tradicije. One imaju upravnu i organizacijsku slobodu odlučivanja o nacionalnom i lokalnom djelovanju te o izboru voditelja hramova i projekata, kao i svojih predsjednika. Isti se automatski uključuju u rad regionalnih tijela ISKCONa. S obzirom da većina članova našeg društva u Hrvatskoj živi izvan hramova i ašrama, osim hramskih programa, za njih postoje posebni programi, odobreni od vaišnavskih vijeća, koji uključuju obrazovanje, služenje i propovjedačke djelatnosti. Hrvatsko vaišnavsko vijeće je predstavničko tijelo Vaišnavske vjerske zajednice u Hrvatskoj, a njegovi članovi su predsjednici nacionalnih odbora te pojedinih lokalnih zajednica. Kao upravno, zakonodavno i programsko tijelo, donosi odluke od značaja za širenje vaišnavske religije u Hrvatskoj na nacionalnoj razini.

Predsjednik HVV-a ujedno je Predsjednik zajednice i predsjedavajući na Hrvatskom vaišnavskom vijeću. Lokalne zajednice vode pojedina Lokalna vaišnavska vijeća, kojima je na čelu predsjednik, a također su predstavnička tijela. Vodeće položaje unutar bilo koje vaišnavse vjerske zajednice može preuzeti svaki pojedinac koji ispunjava kriterije propisane pravilnicima zajednice. Ti se pravilnici temelje na osnovama Svjesnosti Krišne koje su utvrđene svetim spisima, kao i međunardnom praksom. Vodstvo u vaišnavskim zajednicama prvenstveno uključuje obučavanje i obrazovanje na području Svjesnosti Krišne, odnosno njezina praktičnog vida, posvećenog služenja Bogu. Obučavanje obuhvaća strogo pridržavanje načela vaišnavizma, prvenstveno svakodnevnu sadhanu (standardni dnevni program posvećenosti), dok se obrazovanje dijeli na praktičnu primjenu Svjesnost Krišne i položeni stupanj „Bhakti-programa“. U radu rukovodećih tijela na lokalnoj i nacionalnoj razini mogu sudjelovati isključivo oni članova našeg društva koji se obvežu članstvom.